Antes de hacer algún UPDATE general en una tabla que modificará todo su contenido, es importante hacer un backup de esta en otra tabla. phpMyAdmin permite hacerlo muy fácilmente con Operaciones > copiar la tabla a (con estructura y datos).
Una vez hecho el cambio, si queremos restaurar el backup
Simple y sencillo: tendremos de vuelta nuestros datos.
Evidentemente, para modificaciones mayores hay que hacerlo de otras formas: mysqldump, mysqlimport, replicación a esclavos, snapshots... Esto es una solución sencilla para salir del paso rápido.
Podéis consultar otras formas de backup en la propia página de documentación de MySQL: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/backup-methods.html